Recenti ricerche e studi dell’architetto Paola Drisaldi hanno evidenziato i stretti rapporti progettuali tra l’edificio di San Giovanni e opere coeve dell’architetto milanese Francesco Maria Ricchino (vedi chiese di San Giacomo e di Santa Marta) (vedi Bollettino Storico per la Provincia di Novara – anno XCIII (2002) 1° - pagg. 297-311).

La facciata fu innalzata nel 1657; sconosciuto è il nome dell'autore dell'interessante progetto. Anche in questo caso bisogna rilevare le analogie con opere ricchiniane.

L’insieme presenta uniformità di stile, senza aggiunte o trasformazioni dei secoli successivi il che ne aumenta il valore artistico.

L’edificio appoggia, con una sola velatura, su quattro colonne di granito formanti un quadrato grande e maestoso senz’opera di chiavi o stringhe, come le chiama il Vignola (Jacopo Barozzi detto il Vignola, 1507-1573) a foggia di un tumulo o sepolcro antico.

Le quattro colonne sostengono quattro grandi archi e tra essi la grande volta a vela; hanno un breve plinto, basi e capitelli ionici, fusto martellato e leggermente rastremato.

Sul lato sud si apre il presbiterio di forma rettangolare. Il successivo coro si prolunga sui fianchi del presbiterio in due brevi deambulatori; in quello a est vi è un grande quadro ottagonale di cm. 140 x 135, si tratta di una tela secentesca riportata su tavola di legno. Entro un fregio floreale, a segmenti verdi e ocra, vi è un tavolo con tappeto verde e in un bacile la testa del Battista; la scena è sormontata dalla scritta latina:

Quotquot. Zaccharidis. caput. cruentum.
effusa. prece. sumitis. colendum.
ferro. vel. laqueo. litate. caesis.
quò. sedes. subeant. poli. Coruscas

(Quando nelle vostre preghiere onorate il capo mozzato del figlio di Zaccaria, impetrate per i decapitati o per gli impiccati perché possano raggiungere il regno dei cieli)

Il pavimento attuale fu posato nel 1948 su progetto dell’architetto Lazanio; lungo la navata il disegno richiama una passatoia con al centro una croce greca di tasselli marmorei colorati.

La parete est è occupata dall’organo racchiuso in una cassa secentesca, fu costruito da Andrea Gavinelli nel 1687/88. Sotto la cantoria si trovava un grande quadro secentesco, di autore ignoto di scuola lombarda, rappresentante le Ultime ore di un condannato a morte. Rimuovendo la tela per i restauri, in corso, è venuto alla luce un grande affresco quattro-cinquecentesco rappresentante una Crocifissione; data la collocazione sulla parete esterna del Battistero, si può dedurre che sia la pala d’altare dell’antica cappella.

Il restauro delle Ultime ore (in opera presso l’Atelier del Carmine di Novara e generosamente finanziato dalla Ditta A.M.D. di Milano) sta rivelando che l’opera è stata espressamente dipinta per la Confraternita, non si tratta di un quadro adattato; l’autore è un pittore lombardo del XVI-XVII secolo.

La parete ovest ha in alto un finestrone circondato da una decorazione in monocromo, a metà parete vi è la cantoria per i coristi e sotto una grande tela settecentesca, di autore ignoto, rappresentante il Trionfo dell’Eucarestia (tema caro alla Controriforma) o le Anime purganti (se lo si associa al quadro del condannato collocato sulla parete di fronte).

La controfacciata presenta una grande vetrata (1936) con la Madonna di Caravaggio su progetto del pittore novarese Angelo Poletti (1908-1979). La vetrata è arricchita da una cornice barocca monocromatica.

Sotto la finestra si apre il portone centrale d’ingresso con bussola in parte ricavata nello spessore del muro. Ai lati due nicchie ospitano le statue di S. Antonio di Padova o da Lisbona (a sinistra) (1917) in stucco plastico di scuola romana e quella di S. Rocco (a destra) del sec. XVII ricuperata dalla demolita cappella dedicata al Santo, avvenuta nella seconda metà del secolo scorso; nello spazio tra la finestra e il portone è sistemata una grande tela rappresentante i SS. Rocco e Sebastiano, imploranti ai piedi della Madonna col Bambino. Anche questo quadro è stato recuperato dalla demolita cappella di S. Rocco; il dipinto è attribuito a Francesco Bianchi (1687-1757).

Il soffitto presenta quattro grandi archi decorati che delimitano il centro soffitto a forma di vela. L’arco nord (sopra la porta d’ingresso) è tripartito: a sinistra S. Elisabetta (monocromo), una allegoria policroma, S. Zaccaria (monocromo); l’arco est presenta angioletti musicanti, alla base dell’arco due tele con S. Marco e S. Giovanni Evangelista di autore ignoto; nell’arco sud, al centro, la decapitazione del Battista, ai lati, in monocromo, i profeti Isaia e Malachia; nell’arco ovest allegorie policrome del Battista, alla base dell’arco due tele con S. Matteo e S. Luca anche di queste tele non si conosce l’autore.

La grande vela centrale è quadripartita con scene policrome rappresentanti: il Battista davanti ad Erode (nord), il Battesimo di Gesù (est), il Battista in prigione (sud), la Predicazione del Battista (ovest) dipinte nel 1912 dal pittore Giuseppe De Giorgi, nativo di Ceppomorelli (in Valle Anzasca) (1870-1946); le decorazioni sono del novarese Giovanni Bianchi.

Le quattro colonne delimitano quattro cappelle poste negli angoli dell’aula.